NCZI má zmluvu s SÚTNom, na základe ktorej vykonáva expertnú činnosť v oblasti štandardov zdravotníckej informatiky. Zmluva umožňuje prístup k návrhom nových a úpravám existujúcich štandardov, ktoré sa uskutočňujú v rámci činností odborných technických komisií (TC) pre štandardy zdravotníckej informatiky - CEN TC 251 a ISO TC 215. Ako aktívny člen (P-member) komisie TC 215, dostáva NCZI v predstihu návrhy štandardov, ktoré môže pripomienkovať a disponuje platným hlasom pri hlasovaní o schválení - neschválení navrhovaných štandardov a ich zmien.
Zvláštny dôraz na vymedzenie štandardov pre eHealth kladie výzva Európskej komisie Európskym štandardizačným organizáciám CEN, CENELEC a ETSI nazvaná
Mandate 403.